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微衛(wèi)星標記(Microsatellite)也稱為短串聯(lián)重復序列(STR)或簡單重復序列(SSR),是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復序列,一般由一個長2~6bp的核心序列經(jīng)多次串聯(lián)重復排列而成,重復次數(shù)大多在10~60次之間。近年來,大量研究表明STR基因分型方法是進行細胞交叉污染和性質(zhì)鑒定的最有效和準確的方法之一,STR分型高效快捷,結(jié)果精確,是非常重要的遺傳標記,在基因定位、遺傳育種等領(lǐng)域有著廣泛的應用。STR基因分型應用于細胞鑒定已被ATCC等機構(gòu)強烈推薦。美國的ATCC 細胞庫、德國的DSMZ細胞庫以及日本的JCRB細胞庫等為STR 分型提供了各細胞株的數(shù)據(jù)供比對。
微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測,并根據(jù)片段大小分離等位基因進行分析;擴增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測,傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法,費時費力效率低。利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測,結(jié)合分子量內(nèi)標進行DNA片段長度計算,使STR分型變得高效快捷,結(jié)果也更加精確。
STR鑒定實驗流程
1、實驗方案的設計,包括熒光標記的選擇,引物的設計、合成和標記、內(nèi)標的選用等。
2、預實驗:確定PCR反應條件。
3、正式實驗:完成熒光PCR,并在測序儀上完成電泳掃描,數(shù)據(jù)采集,去掉低值數(shù)據(jù),分析結(jié)果、補充測序、完成分析。
4、對收集的數(shù)據(jù)進行處理分析,提供產(chǎn)物片段大小、數(shù)量多少的信息數(shù)據(jù)。
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